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位於長崎第2大平原——深江田原的原之辻遺跡，是代表彌生時代至古墳時代初期（約2200年前至1650年前）繁榮的日本國內代表性彌生時代環濠集落遺址，獲指定為國家特別史蹟。中國史書《三國志》中的「魏志」倭人傳中，壹岐島就以一支國之姿登場，為彌生時代最尖端的交易據點，扮演重要的角色。
從原之辻遺跡出土的遺物有10萬項以上，其中1670項被指定為國家重要文化財產。原之辻遺跡中發現許多飄洋過海來到「一支國」的日本最古老的玻璃珠、裝在馬車上的青銅製零件、用於桿秤的青銅製秤錘、日本國內唯一的人面石以及在中國大陸及朝鮮半島製作的土器、使用的銅錢等許多描述著「與東亞的交流歷史」的資料。
笹塚古墳是在基壇上建築墳丘的2層式建築。基壇的部分為直徑70m、高3m，墳丘的部分為直徑40m、高10m。從笹塚古墳中發現了許多龜形裝飾用金屬，以及杏葉、雲珠、辻金具等金銅製馬具類。除了馬具之外，亦發現了新羅土器，能瞭解與朝鮮半島之間的關聯。出土的資料當中，有162項獲指定為國家重要文化財產。
雙六古墳中發現了在中國北齊製作的日本最古老的二彩陶器、在新羅製作的土器、在日本國內只發現2個的半圓形玻璃珠、亦曾在朝鮮半島發現的金銅製單鳳環頭大刀柄頭等，可見與中國大陸及朝鮮半島之間的關係很親密。出土的資料當中，有412項獲指定為國家重要文化財產。
豐臣秀吉在出兵朝鮮（文祿、慶長之役）時建築的要塞城，獲指定為國家史蹟。在位於壹岐島最北端的勝本浦的城山，以松浦鎮信（平戶）為中心，由有馬晴信（島原）、大村喜前（大村）、五島純玄（五島）等領主合力建築而成。勝本城是軍事基地，負責為前往朝鮮半島的士兵們補給糧食、修理武器等。
內海灣是造訪「一支國」王都——原之辻的古代船往來的玄關。於江戶時代末期的1861（文久元）年撰寫的《壹岐名勝圖誌》中，亦有描繪了內海灣模樣的插圖，記錄了源自散佈在海灣深處的村莊「深江村」的故事以及許多往來於內海灣的船隻。另外，灣內還存在著一座神秘的島，通往小島神社的道路只會在退潮時從海中浮現，在任何時代都是令人嚮往的地方。
透過文獻史料，我們得知壹岐島最高峰（212.8m）的山頂上，自古就設置了烽火台和瞭望番所，扮演重要的國防要衝角色。山頂上有海軍水路部於1889（明治22）年5月設置的「緯度測定標」。當時設置的緯度測定標當中，只有位於岳之辻的石標以及位於可從這裡遙望的馬渡島（佐賀縣唐津市）番所的辻石標等2處流傳至今，刻在石標上的設置年銘文證明岳之辻的石標是日本國內最古老的。
與原之辻遺跡共同在彌生時代（約2000年前）繁榮一時的環濠集落遺址。唐神遺跡不只是透過交易獲得各式各樣的鐵製品和鐵原材料、將鐵製品供給日本國內各地的中繼基地，更是相當於代表彌生時代的鐵器生產鍛冶工房的存在，可窺見其當時在東亞交易上扮演重要角色的情形。
16世紀中期，曾為松浦黨一份子的源壹建築的山城，以居城所在的山頂為中心，可以看見雙重無水護城壕及土橋。以生池城為居城的源壹深受朝鮮王朝信賴，留有正式交易的記錄。此外，1539（天文8）年在安國寺進行的「高麗版大般若經」修補紀錄中，亦記載了源壹的名字。
金田城是在667年於淺茅灣南邊建築的山城，亦曾在《日本書記》中登場。日本在為了支援百濟而進行的白村江戰役（663年）中戰敗後，為了抵禦唐朝和新羅的攻擊，在對馬建築了最前線的防衛設施。在與韓國的交流中，值得矚目的是即便在與朝鮮半島的緊張關係中，築城方法還是受到朝鮮式山城的極大影響，與從百濟亡命而來的人們之間的關係，也極受矚目。
龜甲占卜是指燒海龜甲（腹甲），利用其上的裂痕模樣來占卜該年吉凶的神事。江戶時代會在毎年正月三日舉行，並將其結果報告給對馬衙門。這個儀式可能也是從朝鮮半島傳來的，根據《津島龜卜傳記》記載，對馬卜部之祖——雷大臣跟隨神功皇后前往朝鮮半島，習得龜甲占卜後回國。此外，現在只剩豆酘留有這項習俗，代代相傳至今。
將寄宿在稻米原生種｢紅米」中的靈視為「神」來祭祀的神事。在日本並沒有源自太古時期的當地稻種，對馬的紅米在繩文後期到彌生時代（2000～2500年前）之間，從中國的江南地方經過朝鮮半島傳來日本的稻米族譜中擁有一定地位。這項儀式禮法可看出東亞各地區帶來的強烈影響，在對馬只有豆酘繼承著這樣的神事。
萬松院中祭祀著歷代對馬藩主的墳墓，其創建是從憑弔初代藩主——宗義智（1568～1615）開始的。歷代藩主面對著日朝交流這個對馬獨有的必要課題，構築了友好關係。尤其是義智，他夾在豐臣秀吉及朝鮮王朝之間，沒有他，江戶時代的「朝鮮通信使」就無法實現了。本墓所祭祀著義智之後的14名藩主及其正室、側室，以及對朝鮮外交有所功績的人物。
佛教會將香爐、花瓶、燭台（三件套）放在佛前，供奉線香、花朵、燈火。據說這裡的三件套是由朝鮮國王奉獻的，應該是採用中國古青銅器設計的朝鮮時代作品。香爐上有左腳微微上揚，從口中飄出煙霧的獅子；燭台上有帶著可愛表情看向上方的烏龜，以及英姿煥發、氣質出眾的鶴的形狀。
在朝鮮半島的統一新羅時代（8世紀）製作的銅製佛像，安置於黒瀨觀音堂。肉身部分及衣物部分是分別製作後再組合起來的，展現高度技術，其優美的面容和線條細膩的衣襞，在朝鮮半島製作的佛像當中鶴立雞群。從朝鮮半島傳到對馬的時期不明，但一直由黒瀨地區的人們珍視守護到現在，被信奉為「女神」。
豐臣秀吉出兵朝鮮時，於1591年在嚴原的清水山建築的山城。從標高260m的山頂向東延續的稜線上，築有一之丸、二之丸、三之丸，並排的石牆打造出壯觀的景色。從山頂上可以一望嚴原城下町、港口以及一路蔓延至壹岐的大海原。16世紀末，夾在日本和朝鮮之間苦惱萬分的宗義智，眺望著這片景色時，究竟想著什麼呢？
對馬藩種宗家的居城遺址，位於清水山南麓。1528年宗氏一族引發內部紛爭，使得過去的居城——今屋敷「池之館」燒毀，之後島主宗將盛便將住處遷移到這個地方。1678年，在棧原城完成之前，這裡都被當成宗家的居城使用，後來則成為日本的玄關，被當成朝鮮通信使的迎賓館。到了現在，櫓門復原完成，石牆的一部分也留了下來。與江戶時代描繪的繪圖（縣立對馬歷史民族資料館收藏）相比較，就能輕易想像出其規模有多大了。
17世紀末的江戶時代，在對馬藩主宗家的居城——金石城內建造的庭園。宗家文書《毎日記》中，可以看見自1690至1693年間，曾在「御城」打造「心字池」的紀錄。戰後，這座庭園幾乎被掩埋，不過在獲指定為史蹟名勝的契機下，於1997年至2004年進行發掘調查，復原了昔日的模樣。對馬藩在此迎接朝鮮通信使，對著映照在水面上的月亮祈願日朝友好關係永存，環繞著庭園，加深彼此之間的感情。
對馬有2種朝鮮通信使相關繪巻，上面畫著對馬藩引領、護衛通信使隊伍的情景。豐臣秀吉出兵朝鮮後，對馬藩為了重新開始斷絕的日朝交流而到處奔走，在1607年到1811年間曾迎接使節團12次。本繪巻之一是17～18世紀製作的，另一份則是在19世紀製作的，於2015年被列為「對馬宗家關係資料」之一，獲指定為國家重要文化財產。在充滿緊張氣氛的隊伍空間內，畫著「綁草鞋鞋帶的人」和「吠叫的狗」等，營造沈穩和諧的氛圍。
對馬藩在1663年建立的船渠（船塢）。位於嚴原港南邊的久田浦建有人工水灣，江戶時代，往來東西南北交易的船隻會回到這個港口，進行船隻修理等。朝鮮時代的書物《海東諸國記》（1471年刊行）中可以看見「仇田浦造船」的記述，讓我們得知在「船江」完成前，這裡也發揮了船塢的機能。在現存的船艙中，具有這麼大的規模，而且還保留著當年模樣的，在日本全國僅此一處，是獲得高度評價的江戶時代代表性船艙遺構。
佐須奈港作為往返朝鮮的必經之地，是「朝鮮通信使」登陸日本的地點，也是一座歷史悠久的優質港口。江戶時期，對馬藩主宗義真在此開設了朝陽（日向）和背陰兩處改番所，用於取締偷渡者和走私交易。日向番所的石墻根和水井存留至今，見證著當時的歷史。此外，據說「孝行芋」（番薯）也是從這裏傳到朝鮮半島去的。
鱷浦港自古以來作為與朝鮮半島通商貿易的窗口，是朝鮮通信使登陸日本的地點之一。港口的西側有地名「矢櫃」，曾經是朝鮮通信使入港停泊處，現在仍保留著當時的石堆。同時，由於古時對馬島是面向大陸的窗口，因此這裏還有富有代表性的大陸系植物流蘇樹的自生地。另外，這裏距離韓國僅50公裏，天氣晴朗時，可以眺望韓國釜山市的遠景。
位於日本最西邊的五島，在派遣遣唐使的時代，是橫跨東海前往唐朝前的最後一個港口。《肥前國風土記》中記載了「美禰良久之埼」，附近有傳說曾為遣唐使船提供飲用水的水井「FUZEN河」等歷史悠久的地方。在10世紀的《蜻蛉日記》中，曾被介紹為「與亡者相逢之島～三井樂～」，到了後世，則被視為位在與異國國界上之島，或是可以見到死者的西方淨土之島，廣泛用於和歌題材。
五島最古老寺廟。據說在806（大同元）年，弘法大師空海自唐朝歸國的途中，曾待在這間寺廟裡，因為把東方空中閃閃發光的明星視為吉兆的緣故，遂將這間寺廟命名為明星庵。這裡是藩主五島家代代的祈願寺，1778（安永7）年重建的本堂格子天花板上，有狩野派畫家用鮮豔色彩畫的121張花鳥畫。
這塊石頭位在遣唐使船最後停泊的地方——岐宿町白石，據說遣唐使為了修理船隻、補充糧食、等待起風而進港時，都會把船纜綁在這塊石頭上。為了讚揚遣唐使賭命創造的偉業，當地建立了小小的祠堂，將這塊石頭當成守護漁業、海上安全的神明祭祀，至今仍受到當地居民珍視守護。
大寶寺又稱「西高野山」，得名於從大唐回到日本的空海法師曾在此布真言密教。該寺所在地「玉之浦」位於離中國最近的日本最西端。這裏保存著中國南北朝時期的五重層塔（市文化遺產）及梵鐘（縣文化遺產）等歷史建築物，是當時與日本關西地區及中國大陸交流的象征。
中世到近世的古墓群。70座以上的石塔層層並排的景色令人震撼，使用許多關西地區的御影石、福井縣若狹地區的日引石等從島外帶來的石材。據說這些石頭是載著與大陸交易的物品回國的船隻為了壓艙（船底平衡砣）而帶回來的，是能證實這裡曾是往來於都城與大陸間的海上交易據點的史蹟。
位於中通島的遣唐使相關史蹟（照片為「姬神社」）。因為遣唐使船會在這裡停留三天而得名的「三日浦」附近，有修理遣唐使船的船帆的「錦帆瀨」、祈願遣唐使航海安全的「御船樣」。此外，曾是遣唐使船等待起風的港口，也在《肥前國風土記》登場的現今的相河、青方附近，則有遣唐使祈願航海安全的「姬神社遺址」以及據說曾用來綁住遣唐使船的「TOMOJIRI石」。
搭乘遣唐使船前往唐朝的最澄在回國後，作為入唐成就謝禮而開的山。山麓有一之宮、山中腹有二之宮、山頂有三之宮，鄰接二之宮的岩窟內供奉的鏡子當中有舶載鏡，顯示與大陸之間的交流。
古名為「山王宮」，據說是山王山的遙拜所。在新上五島町是屈指可數的古老神社，毎年11月會獻上「上五島神樂」，為國家重要無形民俗文化財產。
